水是人机体主要的组成成分，人体的一切生理活动，如营养输送、温度调节、废物排泄等都要靠水来完成。人饮用被污染水或吃了污水污染的食物，就会危害健康。因污染物排入水体后，为水生动、植物吸收并在生物体内积累。如日本的水俣病事件，就是食用了被甲基汞污染的水体中的鱼类所致。如果是急性中毒则会使生物很快死亡，引起人们的注意，但是许多情况下水体中的生物中毒则是慢性的，往往不能被人所注意。人吃了这些食物，毒物会在人体内进一步积累，长期下去人得病则是必然的。

饮用水中氟含量过高，会引起牙齿珐斑及色素沉淀，严重时会引起牙齿脱落。相反含氟量过低时，会发生龋齿病等。人畜粪便等生物性污染物处理不当也会污染水体，严重时会引起，如伤寒、霍乱、痢疾等细菌性肠道传染病和某些寄生虫病。1882年德国汉堡市由于饮水不洁，导致霍乱流行，死亡7500多人。此外农民常常施用了一些除草剂或除虫剂，如苯胺、苯并芘和其他多环芳烃等，它们都可进入水体，使其中还含有一些可致癌的物质，这些污染物可以在悬浮物、底泥和水生生物体内积累，若长期饮用这样的水，就可能诱发癌症。据统计水污染引发的癌症死亡率，20世纪90年代比30年前高出1.45倍。